关于南明政权的定义,普遍的观点是明末北京失陷后朱姓宗室在南方建立起来的诸政权。主要有福王弘光政权,唐王隆武政权,鲁王政权,唐王绍武政权,桂王永历政权,韩王定武政权,其中影响较大的是福王和桂王政权。顺治元年(1644)五月十五日,福王朱由崧在丹阳总督马士英等人拥戴下,在南京称帝,建元弘光。福王政权一方面抵御清军南下,一方面继续剿杀农民军。
顺治二年春,清军始攻福王。福王政权内部正在进行激烈的党争和内战,只有兵部尚书史可法督师江北,坚决抗战,死守扬州。清军攻下扬州,杀害了宁死不降的史可法,并实行屠城。五月清军占南京,俘虏福王。弘光政权仅仅维持一年就灭亡了。当年六月,故明官吏、缙绅钱肃乐等扶植鲁王朱以海监国于绍兴,建立政权。鲁王依据钱塘江天险,与清军相持一年,至顺治三年五月绍兴城破,鲁王出走而覆灭。在鲁王监国的同时,故明官吏黄道周和军阀郑芝龙等迎唐王朱聿键在福州称帝,建号隆武。但两政权不能合力抗清,反而互争“正统”,彼此水火不容。清廷诱降了拥有重兵的郑芝龙,在攻下两浙之后兵入福建,消灭了隆武政权。顺治三年十一月,故明官僚苏观生等人拥立隆武帝的弟弟朱聿键在广州称帝,年号绍武,而仅过了 40 多天清军攻陷广州便灭亡了。
绍武政权创立的同时,由两广官吏瞿式耜、丁魁楚在肇庆拥立桂王朱由榔为帝,改元永历。初期与广州唐王绍武政权互争“正统”,清军乘其内战,攻入广东,桂王奔逃于两广。此后由于抗清坚决的何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜等将领力战,并得到大顺军、大西军的支持,政权方得以维持。清顺治十六年(1659)正月初三,吴三桂数十万大军分三路连通昆明。南明小朝廷只得弃滇都昆明,经保山、腾冲一路败退进入缅甸。虽然南明的大西军战事一再落败,但在此期间却冒出了一个骁勇善战的罗姓将领,此人的第十代子孙罗星汉成为后来威震金三角的大毒枭。
《明史》记载:朱由榔带1500余人由腾越 (腾冲)西逃,进入缅甸瓦城 (即曼德勒近郊的古都阿瓦),观望形势的缅王慰留贵客于缅北山区。1661年缅京老王驾崩,新王莽白继位,他看清形势,派精兵夜袭,砍死了南明数十名遗臣武将,囚禁了永历帝。这在历史上被称为 “咒水之难”。1662年,吴三桂率清兵十万之众饮马怒江、直抵缅甸瓦城城郊,莽白立即将永历帝及其母、妻、妄送交清军,以免惹火烧身。朱由榔被押解回昆明,囚禁在蓖子坡头的金禅寺(今利民巷)内。
康熙元年(1662)四月,永历帝被
吴三桂用弓弦在今称逼死坡的地方勒死。
南明政权基本瓦解。1664年,
夔东十三家军抗清失败,首领李来亨全家自焚,大明王朝在大陆地区的抵抗运动结束。